Beim Prozessor-Kühler gibt es wie bei den anderen Kühlern unterschiedliche Bauarten und Materialien. Die Wasserdurchleitung erfolgt entweder durch bestimmte Kanäle in horizontaler Richtung oder umspült einen Kupferkern, der die Abwärme ans Wasser weitergibt. Allgemein sind Kühlkörper aus Kupfer zu bevorzugen, aber auch Aluminium-Kupfer-Kombinationen können sehr effizient sein. Man sollte sich schon bei der Planung über die Befestigung genau informieren, denn nicht jeder Sockel passt mit jedem Kühler zusammen. Benachbarte Bauteile des Mainboards können dann störend sein und der Einbau gestaltet sich als schwierig. Der Einsatz einer guten Wärmeleitpaste ist unbedingt erforderlich, um einen luftfreien Kontakt zwischen Platte und Prozessorkern zu gewährleisten.
Grafikkarten- und Chipsatzkühler sollten unbedingt in das Kühlsystem integriert werden. Denn wenn man das Mainboard schon ausbauen muss, kann auch gleich die Gegenplatte des Chipsatzkühlers fixieren. Bei der Grafikkarte bieten die Hersteller kartenspezifische (ATi oder nVidia) Bauformen an – auch hier gilt es, sich vorher genau zu informieren. Auf jeden Fall sollte man ein wärmeleitfähiges Spezial-Anpresspad für Chipsatz- und GPU Kühlung verwenden und immer eine Bauart mit Backplate (Gegenplatte für guten Anpressdruck) wählen. Wer dann noch Kapazitäten frei hat, kann auch noch zu einer Festplattenkühlung greifen. Dabei wird die Platte geräuscharm und gleichzeitig entkoppelt. Für den Einbau sollte man einen 5,25 Zoll Einschub frei haben.
